কলেজের ছাত্র নির্বাচনের আবহে আচমকা এক রাতে বিরোধী দলের প্রধান মুখ, এক প্রতিবাদী ছাত্রী অপরাজিতা সেন নিখোঁজ হয়। পরে রেললাইন সংলগ্ন এক বস্তি এলাকা থেকে তার মৃতদেহ উদ্ধার করা হয়। এই ঘটনায় সারা শহরে চাঞ্চল্য ছড়িয়ে পড়ে। উত্তেজনার রেশ আছড়ে পড়ে এস.এন.রয় কলেজেও। শুরু হয় রাজনৈতিক টানাপড়েন। তদন্তের দায়িত্বভার গ্রহণ করেন ইন্সপেক্টর রোহিণী বাগচী। রহস্যের গভীরে নামতেই তিনি টের পান, এই খুনের শিকড় সাধারণ রাজনৈতিক দ্বন্দ্বের চেয়েও অনেক বেশি গভীরে প্রোথিত। এরপর একে একে উঠে আসে হাড়হিম করা ভয়ঙ্কর সব তথ্য। মিডিয়া ট্রায়াল, ওপরতলার চাপ এবং মিথ্যে প্রমাণের গোলকধাঁধায় সত্য যখন পথ হারাতে বসেছে, তখনই সামনে আসে এক অবিশ্বাস্য সমীকরণ। ধরা পড়ে আততায়ী। সামনে আসে খুনের কারণ। কিন্তু রোহিণী বাগচী তাঁর অন্তর্ভেদী বুদ্ধিমত্তা দিয়ে বুঝতে পারেন যে, যা দেখা যায় তা সবসময় সত্য নয়। প্রতিষ্ঠিত সত্যের আড়ালে লুকিয়ে আছে আরও এক ভয়ংকর সত্য। "শিকড়ে রক্তের দাগ" সেই সত্য উদ্ঘাটনের এক দলিল।